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技能

RDkit 自动化

tencent_skillhub · 1.2.0 · 下载量 57 · 热度分 31.5

产品介绍

RDKit 自动化(rdkit-automation):化学信息学 Python 工具包,支持从开源数据库按常用名/CAS 号/中文名/InChIKey/DrugBank ID/ChEMBL ID 直接获取 SMILES(PubChem、Wikidata、NCI CADD CIR、OPSIN、ChEMBL、DrugBank、ChemSpider、HuggingFace),并覆盖分子读写(SMILES/MOL/SDF/MOL2/PDB/InChI/XYZ)、描述符与类药性(Lipinski Ro5/Veber/QED/全 217 项描述符/Gasteiger 电荷)、分子指纹与相似度(Morgan/ECFP/AtomPair/TopologicalTorsion/MACCS/Avalon/Tanimoto 检索去重)、子结构匹配与替换(SMARTS/MCS/RWMol 构建)、2D 绘图(PNG/SVG/网格图/子结构高亮/反应式)、3D 构象(ETKDG 嵌入/MMFF-UFF 优化/多构象/对齐 RMSD)、化学反应与虚拟库枚举、分子标准化(去盐/互变异构/Murcko 骨架/BRICS-Recap 分解)、手性与立体化学(手性中心检测/立体异构体枚举/SMILES 随机枚举)、虚拟筛选辅助(PAINS/BRENK/CHEMBL/ZINC/NIH 过滤目录 + Butina 聚类 + 多样性挑选)、2D 药效团指纹(Pharm2D)、R-基团分解(SAR)、SDF/CSV 批量流水线与 PandasTools。核心资产 references/rdkit_automation/ 为可直接 import 的包(14 个模块),references/v2026_03_recipes.md 为 rdkit 2026.03.6 本机实测配方与坑点速查,examples/ 含端到端 demo 与 20 项回归测试(全部本机跑通)。适用:药物设计虚拟筛选、分子库管理、QSAR 特征工程、批量结构处理、构象搜索、反应枚举、骨架分析、手性分析、化学空间聚类、构效关系、绘图出图。触发词:RDKit、rdkit、SMILES、SMARTS、SDF、InChI、InChIKey、MOL2、分子指纹、Morgan、ECFP、AtomPair、Avalon、Tanimoto、相似度、子结构匹配、MCS、最大公共子结构、描述符、MolWt、LogP、TPSA、QED、Lipinski、Ro5、类药性、Gasteiger、绘图、2D 结构、3D 构象、ETKDG、MMFF、UFF、RMSD、构象搜索、对齐、化学反应、反应枚举、虚拟库、酯化、Murcko、骨架、BRICS、Recap、去盐、互变异构、标准化、PandasTools、虚拟筛选、化学信息学、手性、立体化学、立体异构体、对映体、PAINS、BRENK、聚类、Butina、多样性挑选、R基团、SAR、构效关系、药效团、Pharm2D、过滤目录。

资源信息

作者:user_6eed38f8
分类:业务 & CRM 营销
版本:1.2.0
认证方式: 无需认证
是否付费: 官方未说明

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科研学术

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