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pyopenms

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出处与授权

作者： K-Dense-AI
许可证： MIT 许可证

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产品介绍

Processes mass spectrometry data with pyOpenMS. Supports proteomics and metabolomics workflows—feature detection, peptide/protein identification, label-free quantification, adduct/accurate-mass annotation, and complex LC-MS/MS pipelines. Supports extensive file formats and algorithms. For simple spectral comparison and small-molecule library matching use matchms.

资源信息

作者：K-Dense-AI
分类：工作流 & 自动化
语言：en
认证方式： 无需认证
许可证：MIT
是否付费： 官方标注免费
发布方：K-Dense-AI

许可证信息摘自官方源，可能过时或缺失。商用前请以原仓库的 LICENSE 文件为准。

标签
工作流 & 自动化 / pyopenms

功能说明

  • Overview
  • Scripts (start here)
  • Inspect & convert
  • Feature detection & quantification
  • Annotation
  • Identification
  • Chemistry
  • Targeted & visualization
适用场景
Param.keys() returns strings. Use PeptideIdentificationList for mutable IDs;Feature tables use rt/mz; consensus tables use getintensitydf() andCheck spec.getType() against SpectrumSettings.SpectrumType; sorted m/z saysprocessspectra.py --ms-level scopes every operation to that level and keepsCharge zero means unknown. The mass calculator's positive charge magnitudesAccurate-mass search uses local TSV databases, not a live HMDB endpoint.

适用平台

Claude Code
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技能（Skill）是封装好的单项能力，比如文字识别、文档摘要、关键词提取。开发者把调用逻辑和提示词打包，使用者像用插件一样加载即可，无需了解底层模型。启枢技能 收录大量技能，可直接试跑或编入方案。